Школа № 61 была открыта 23 августа 1993 г. (первый директор Черданцева Елена Владимировна). Тогда группа молодых полных энтузиазма учителей решила организовать экспериментальную школу. 61-я была задумана как адаптивная школа полного дня, суть адаптивности: не ребенок должен приспосабливаться к школе, а именно школа должна стремиться адаптироваться к любому ученику, принимая во внимание его склонности и способности, состояние физического и психического здоровья, происходит адаптация образовательного процесса к ученику и его индивидуальным особенностям.
В самом начале школа была неполной, всего четыре класса: первый, второй, третий и седьмой. Но уже тогда зародились главные основополагающие традиции. Появились флаг, герб и основные школьные праздники. Постепенно школа росла и развивалась. Приходили новые учителя и ученики. Школа расширялась. Изначально школа располагалась в здании детского сада №196 (пр. Ленинградский, 45А). В 1994 учреждение переехало на ул. Хабаровская, 21, а после – на ул. Сарыгина, 40А.
Первые учителя - Гридина Ирина Сергеевна, Синдеева Инна Александровна, Есина Нина Григорьевна, Христенко Елена Викторовна, Наймушина Ирина Анатольевна, Царегородцева Наталья Ивановна. С 12 февраля 2007 года школу возглавляет Криворучко Майя Олеговна. Первый выпуск учащихся 11 класса состоялся в 1998 году. За 20 лет школа № 61 выпустила 15 золотых и 17 серебряных медалистов.
Сейчас в школе обучаются 255 детей, работают 26 учителей. Продолжается соблюдение традиций, заложенные основателями школы № 61.