Школа создана в 1936 году, сначала она была семилеткой. В 1940 году учреждение было переведено в новое двухэтажное здание на улице Инициативной. В годы войны многие педагоги ушли на фронт, старшеклассники работали на выпускавшем военную продукцию заводе №13.
С 1943 года по 1952 год школа была мужской. Молодой, энергичный директор школы Василий Иванович Журавлёв сделал многое для укрепления традиций и сплочения коллектива. Классами дети ходили в туристические походы, занимались спортом, участвовали в субботниках, организовывали концерты. Эти традиции поддерживаются и сегодня.
В 1964 году школа получила новое здание на улице Строительная (ныне улица Василия Толстикова, д.1), где и находится по сегодняшний день.
В школе работает стабильный, опытный коллектив учителей – 38 педагогов, из них четверо имеют звание «Почётный работник общего образования РФ», 76% – первую и высшую квалификационную категорию. Коллектив школы был победителем городского конкурса «Лучше е образовательное учреждение» в 2011 – 2012 учебном году, награждён Почётными грамотами и благодарственными письмами администрации г. Кемерово.
За свою восьмидесятилетнюю историю школа дала путевку в жизнь пяти с половиной тысячам выпускников, из них 49 – золотые и серебряные медалисты. Среди выпускников школы Почётный строитель России, Почётный гражданин города Новокузнецка А.В. Косилов; генерал-майор военной авиации И.М.Кокоулин и много других достойных людей, патриотов своего города, края, страны.
Коллектив педагогов и учеников школы №39 сохраняет и развивает свои лучшие традиции, активно участвует в спортивной и общественной жизни города, его благоустройстве и развитии.