Археологическое наследие городского пространства в силу плотного строительства на протяжении многих десятилетий небогато разнообразием, тем значимее те артефакты и памятники, которые были обнаружены случайно, как в границах самого города, так и в его окрестностях. В витринах демонстрируются археологические предметы, расположенные согласно этапам исторического развития – от эпохи камня к средневековью. Останки полного скелета мамонта, найденного в посёлке Комиссарово в 2005 году, клад бронзовых женских украшений из бронзолитейной мастерской поселения в устье реки Люскус, боевой топор железного века, обнаруженный в деревне Кемерово в 1880-х годах, Елыкаевский клад средневековья, состоящий из 148 предметов из железа и бронзы и много других удивительных находок из фонда музея.